형평성, 제주특례 허용 근거 미흡 등을 이유로 수용하지 않았다. 정부가 수용하지 않은 과제 가운데 상당수는 제주도내 징수 국세의 도세 이양과 외국인 면세점 매출액의 1% 이내 제주관광진흥 부과 등 자치 재정권 강화 과제 등이다.